Ιδρύθηκε το 1924 και το πρώτο περιοδικό της το εξέδωσε το 1926. Εμπνευστής, ιδρυτής και εμψυχωτής της ΕΚΕ υπήρξε ο Στρατηγός Ιωάννης Δ. Πετρίδης (1870-1947), πρώτος Πρόεδρος της ΕΚΕ, εν συνεχεία επί σειρά ετών Πρόεδρος και μετέπειτα Επίτιμος Πρόεδρός της. Μεταξύ των 49 ιδρυτικών της μελών ήταν και ο αείμνηστος καθηγητής Κωνσταντίνος Λιβαδάς, ιδρυτής της Κτηνιατρικής Σχολής του ΑΠΘ Στην ίδρυση της Σχολής συνέβαλε τα μέγιστα, παρά τις διαφωνίες που υπήρχαν, και η ΕΚΕ. Την εποχή εκείνη υπήρχε στην Ελλάδα ένα μόνο επιστημονικό σωματείο, η Ιατρική Εταιρεία Αθηνών, που ιδρύθηκε το 1835 και το πρώτο επιστημονικό της περιοδικό το εξέδωσε το 1922. Η ΕΚΕ επιλαμβάνετο όχι μόνο επιστημονικών θεμάτων, αλλά και επαγγελματικών, όπως η καθιέρωση τιμολογίου αμοιβών Κτηνιάτρων, φορολογικών, ασφαλιστικών κ.λ.π. Την περίοδο εκείνη επιτεύχθηκε και η ένταξη του Κτηνιατρικού Κλάδου στο ΤΣΑΥ.

Η πρώτη μεταπολεμική συνεδρίαση της Εταιρείας έγινε στο ιδιωτικό ιατρείο του Πέτρου Κιάππε, στην οδό Πέτα. Με πρώτο μεταπολεμικό πρόεδρο το Κωνσταντίνο Μελανίδη, η Εταιρεία λειτουργεί με το παλιό της καταστατικό και εδρεύει στο Κτηνιατρικό Μικροβιολογικό Ινστιτούτο (ΚΜΙ) του Βοτανικού (Περισσότερα ΕΔΩ…), απ’ όπου κυρίως προέρχονται και τα μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου της καθώς και η Συντακτική Επιτροπή του Δελτίου της ΕΚΕ. Εκεί δημιουργείται και ο πρώτος πυρήνας της Βιβλιοθήκης της. Αυτός είναι και ο λόγος που η δεύτερη αυτή περίοδος της Εταιρείας, διάδοχος της «Πετρίδειας περιόδου», είθισται να ονομάζεται «περίοδος του Βοτανικού» (1944-65).

Οι πόροι της Εταιρείας είναι ελάχιστοι γι’ αυτό και θα παραμείνει άστεγη για μεγάλο χρονικό διάστημα. Σε αναζήτηση χώρου για τις τακτικές συνεδριάσεις της θα βρει θετική ανταπόκριση από διάφορες υπηρεσίες και σωματεία (Νομοκτηνιατρικό Γραφείο, Ένωση Ελλήνων Χημικών, Ελληνική Γεωργική Εταιρεία, Ιατρικός Σύλλογος Αθηνών, Ινστιτούτο Γεωπονικών Σπουδών, Νομοκτηνιατρική Υπηρεσία Αττικής, Εθνικός Οργανισμός Ελληνικής Χειροτεχνίας), τα οποία θα παραχωρήσουν στα επόμενα χρόνια φιλόξενα τις αίθουσές τους για το σκοπό αυτό, ενώ στα μέσα του 1958 και για ορισμένο χρονικό διάστημα μόνο, όσο επέτρεπαν τα οικονομικά της, αποκτά και στέγη με ενοίκιο.

Η ΕΚΕ το 1944 συντάσσει το πρώτο μεταπολεμικό Βιβλίο Μητρώου και το 1948 έχει 74 τακτικούς εταίρους. Δραστηριοποιείται και πάλι με επιστημονικές ανακοινώσεις κατά τη διάρκεια των τακτικών συνεδριάσεων, δημόσιες διαλέξεις, εξέταση επίκαιρων κτηνιατρικών θεμάτων, εισηγήσεις των εταίρων και άλλα. Στις 29 Μαΐου 1947 ο Πετρίδης ανακοινώνει στην Ακαδημία Αθηνών σχετικά με την κτηνιατρική επιστήμη και τη συμβολή της στην πρόοδο της κτηνοτροφικής παραγωγής και την περιφρούρηση της Δημόσιας Υγείας. Σε ότι αφορά τις δραστηριότητες της Εταιρείας, θα πρέπει επίσης να σημειωθεί ότι εξαιτίας της έλλειψης κλαδικού επαγγελματικού φορέα και κατά παρέκκλιση του καταστατικού της, η Εταιρεία ασχολείται και με θέματα που έχουν σχέση με την άσκηση του κτηνιατρικού επαγγέλματος.

Καθοριστικός ήταν ο ρόλος της ΕΚΕ και στην λήψη αποφάσεων στο Υπουργείο Γεωργίας. Ζητείτο η άποψή της για θέματα κτηνιατρικής νομοθεσίας, οργάνωσης της Κτηνιατρικής Υπηρεσίας στο Υπουργείο Γεωργίας καθώς και για θέματα κτηνοτροφίας. Την δεκαετία του 30 λειτουργούσε το Ανώτατο Κτηνιατρικό Γνωμοδοτικό Συμβούλιο. Επιλαμβάνεται κυρίως επιστημονικών θεμάτων και έχει ως στόχους της, την προαγωγή, προβολή και κατοχύρωση της κτηνιατρικής επιστήμης και του κτηνιατρικού επαγγέλματος τόσο στην χώρα μας, όσο και διεθνώς.

Η ΕΚΕ εκδίδει το τριμηνιαίο επιστημονικό περιοδικό το «Περιοδικό της Ελληνικής Κτηνιατρικής Εταιρείας – ΠΕΚΕ» καθώς και άλλες επιστημονικές εκδόσεις, οργανώνει συνέδρια, συμπόσια, ημερίδες, διαλέξεις και γενικά έχει αναλάβει σχεδόν κατά αποκλειστικότητα τη δια βίου εκπαίδευση των Ελλήνων κτηνιάτρων και των φοιτητών των Κτηνιατρικών Σχολών. Σήμερα, η Ελληνική Κτηνιατρική Εταιρεία διοικείται από 9μελές Διοικητικό Συμβούλιο το οποίο εκλέγεται κάθε τρία χρόνια και έχει τους παρακάτω τρεις κλάδους:

Κλάδος Κτηνιάτρων Ζώων Συντροφιάς

Κλάδος Κτηνιάτρων Δημόσιας Υγείας

Κλάδος Κτηνιάτρων Παραγωγικών Ζώων

H EKE συνεργάζεται ακόμα με τα Ανώτατα Εκπαιδευτικά Ιδρύματα, τα Τεχνολογικά Εκπαιδευτικά Ιδρύματα, τις Κτηνιατρικές Υπηρεσίες, τους Κτηνιατρικούς Συλλόγους καθώς και με Επιστημονικές Εταιρείες και Επιμελητήρια της Ελλάδας και του εξωτερικού και είναι μέλος των παρακάτω εταιρειών:

Παγκόσμια Κτηνιατρική Εταιρεία

Παγκόσμια Εταιρεία Κτηνιάτρων Ζώων Συντροφιάς

Ομοσπονδία Ευρωπαϊκών Εταιρειών Κτηνιάτρων Ζώων Συντροφιάς (Ιδρυτικό μέλος)

Βαλκανική και Παρευξείνια Κτηνιατρική Εταιρεία (Ιδρυτικό μέλος)

Έχει συνολικά 926 μέλη πολλά από τα οποία διέπρεψαν στον επιστημονικό τομέα (καθηγητές πανεπιστημίου, ερευνητές), στη διοίκηση, στο στρατό, καθώς επίσης και σε επαγγελματικούς κτηνιατρικούς συλλόγους και επιμελητήρια, τόσο στην χώρα μας, όσο και στο εξωτερικό.

Από 29 Μαΐου 2001 με την υπογραφή του συμβολαίου και από 15 Δεκεμβρίου 2002, ημερομηνία κατά την οποία  έγιναν τα εγκαίνια, η Ελληνική Κτηνιατρική Εταιρεία στεγάζεται στα ιδιόκτητα γραφεία της σε ένα πανέμορφο και αρχοντικό οροφοδιαμέρισμα στον 7ο όροφο οικοδομής στο κέντρο της Αθήνα και στην οδό Πατησίων 158, εμβαδού 265 τ.μ. που περιλαμβάνει είσοδο (χωλ) 14 τ.μ., γραμματεία 13 τ.μ., χώρο σεμιναρίων και εκδηλώσεων 91 τ.μ., γραφείο προέδρου 22 τ.μ., αίθουσα συμβουλίου και βιβλιοθήκη 44 τ.μ., κουζίνα 18 τ.μ., δύο μεγάλα μπάνια, αποθήκη και μεγάλη βεράντα. Οι ενέργειες για την απόκτηση της νέας στέγης της ΕΚΕ και τελικά του συγκεκριμένου ακινήτου έγιναν επί προεδρίας του κ. Θεόδωρου Ανανιάδη και με την παρακάτω σύνθεση του Διοικητικού Συμβουλίου:

Πρόεδρος: Θεόδωρος Ανανιάδης
Αντιπρόεδρος: Βενιαμίν Αλμπάλας
Γενικός Γραμματέας: Αθανάσιος Τυρπένου
Ειδικός Γραμματέας: Κωνσταντίνος Χανδράς
Ταμίας: Όλγα Σαμπατάκου
Μέλος: Εμμανουήλ Αρχοντάκης
Μέλος: Απόστολος Ράντσιος